預防嬰兒秋季腹瀉提倡母乳餵養，嬰兒出生後數月和出生後第一個夏季最重要，避免夏季斷奶。母乳及人工餵養，都應適當添加輔食，切忌幾種輔食同時添加，輔食不宜爲肥甘黏膩之品。餵養前餐具應用開水洗燙，小兒飯前便後要洗手，不吃變質食物、不喝生水、食物存放要加罩、防止昆蟲污染。食品、食具、尿布、便具、玩具等要經常消毒。
預防嬰兒秋季腹瀉應注意氣候變化，及時增減衣服，避免過熱或受涼，尤其要避免腹部受涼。多喝水，不要久坐在潮溼的地上，室內空氣要保持流通。
另外，營養不良、佝僂病和腸道外感染時，應及時治療，防止併發腹瀉。避免長期濫用廣譜抗生素，以免腸道菌羣失調。感染性腹瀉易引起流行，在新生兒室、托幼機構及醫院中應注意消毒隔離。發現腹瀉患兒和帶菌者要隔離治療，糞便應消毒處理。