出現於感染後二年以上。主要有如下幾種：
（1）晚期良性梅毒。其基本損害爲樹膠腫，可能是對梅毒螺旋體抗原的一種炎症反應所致，其發病機制仍不甚清楚。顯微鏡下，活動性損害爲肉芽腫病變，陳舊性損害爲廣泛的纖維化。在樹膠腫內一般找不到梅毒螺旋體。此種炎症可侵犯任何器官，但最常見的是侵犯面板和骨骸。面板損害表現有真皮或皮下結節，潰瘍性結節和樹膠腫。結節常發生於面三期梅毒部、軀幹和四肢，呈羣集分佈不對稱，無痛性，進展緩慢，逐漸發生潰瘍。潰瘍一般由中央開始緩慢癒合，遺留瘢痕。面板樹膠腫呈單個硬結，逐漸增大成浸潤塊，崩潰後形成潰瘍，病程中一些區域自愈遺留瘢痕形成。如口腔粘膜和鼻粘膜受累時，可導致鼻中隔和軟硬齶穿孔，骨骼損害主要有骨膜炎、骨樹膠腫等。
（2）心血管梅毒。可有主動脈炎、主動脈瓣閉鎖不全、主動脈瘤等。
（3）神經梅毒。可有脊髓癆、麻痹性癡呆、視神經萎縮等。
三期梅毒的表現
三期梅毒損傷不僅僅侷限於面板和粘膜，也可侵犯任何內臟器官和組織，其特點是樹膠樣腫，三期梅毒的面板粘膜梅毒包括：
（１）結節型梅毒疹。位於皮內或皮下的成羣結節，黃豆大或葡萄大，初起不與周圍組織粘連，以後逐漸固定，面部及四肢多見，不對稱分佈，可均勻分佈也可呈環形等分佈。病程慢，病損可完全吸收，也可破潰形成部分或全部潰瘍，不痛不癢，最後癒合爲萎縮性瘢痕。好發在小腿上１／３處。
（２）梅毒瘤（樹膠樣腫）。初起爲皮下硬結，可活動，逐漸與面板粘連、破潰、潰爛邊緣銳利成鑿狀，有稠粘的樹膠樣分泌物，可邊擴展邊癒合。好發於頭皮、前額、小腿等處。也可發生在上齶及鼻部，常導致硬齶、鼻中隔穿孔、馬鞍鼻等，使患者毀容。舌粘膜受累時可發生不規則潰爛，炎症吸收後形成疤痕攣縮，舌頭變硬，發言不清。