儘管95%以上的性傳播疾病是透過各種性行爲傳播的，但已經肯定，廁所坐墊也會造成此類疾病的傳播，其中比較容易發生的是陰道毛滴蟲和白色念珠菌所引起的陰道炎。
由於公用廁所由多人頻繁使用，性傳播疾病患者的臀部、會陰部和衣褲中的致病原就會透過污染廁所坐墊而傳給他人。如梅毒螺旋體、白色念珠菌、陰蝨、疥蟲等可從患者身上留落在廁所坐墊上，若短時間內另一人登廁就有可能傳染上。據測定，淋病雙球菌在廁所坐墊上可以存活18個小時，陰道毛滴蟲可在半乾燥環境中存活6個小時。可見此傳播途徑不可忽視。
爲避免因此而造成的性傳播疾病間接傳播，在公共廁所用廁時，最好取蹲式，不要取坐式，或推廣應用一次性使用的坐墊。